Το Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών "Κλινική - Χειρουργική Ανατομία" είναι το πρώτο πρόγραμμα στην Ελλάδα στον Τομέα της Εφαρμοσμένης Ανατομίας. 

Το πρόγραμμα έχει σχεδιαστεί, ώστε να παρέχει τη δυνατότητα σε φιλόδοξους, κλινικούς και εργαστηριακούς επιστήμονες να επεκτείνουν τις ανατομικές γνώσεις τους και να εμβαθύνουν στην κατανόηση της δομής του ανθρώπινου σώματος, καθώς και να αναπτύξουν αναλυτική σκέψη και κριτική προσέγγιση σε ερευνητικά, χειρουργικά και κλινικά επίπεδα, σε ένα ακαδημαϊκά εμπνεόμενο περιβάλλον, χωρίς να διακόπτουν την πορεία της σταδιοδρομίας τους.

Κατανέμεται σε τρία εξάμηνα σπουδών, από τα οποία τα πρώτα δύο περιλαμβάνουν 8 εντατικές μηνιαίες θεματικές ενότητες υποχρεωτικών μαθημάτων. Στο τρίτο εξάμηνο οι φοιτητές εκπονούν τη Διπλωματική τους Εργασία ή πραγματοποιούν την πρακτική τους άσκηση - Μαθητεία.

Το πρόγραμμα Σπουδών του Μεταπτυχιακού Προγράμματος περιλαμβάνει όλο το εύρος της Κλινικής - Χειρουργικής Ανατομίας του Ανθρώπινου σώματος και διαρθρώνεται σε 8 περιοχικές ανατομικές θεματικές ενότητες – βασικά μαθήματα:

Α' εξάμηνο σπουδών

1. Βασικές Αρχές - Εισαγωγή στην Κλινική – Χειρουργική Ανατομία
2. Κλινική - Χειρουργική Ανατομία της Κεφαλής και του τραχήλου
3. Κλινική - Χειρουργική Ανατομία του Θώρακα
4. Κλινική - Χειρουργική Ανατομία του Άνω άκρου

Β' εξάμηνο σπουδών

1. Κλινική - Χειρουργική Ανατομία της Ράχης
2. Κλινική - Χειρουργική Ανατομία της Κοιλίας
3. Κλινική - Χειρουργική Ανατομία της Πυέλου
4. Κλινική - Χειρουργική Ανατομία του Κάτω Άκρου

Απαιτείται η υποχρεωτική παρακολούθηση και επιτυχής εξέταση σε όλα τα μαθήματα, όπως αυτά κατανέμονται στα δύο πρώτα εξάμηνα σπουδών και η εκπόνηση Διπλωματικής Μεταπτυχιακής Εργασίας ή η πραγματοποίηση πρακτικής άσκησης, η οποία ανατίθεται στο Γ εξάμηνο σπουδών.

Οι ώρες θεωρητικής δια ζώσης διδασκαλίας των μαθημάτων προγραμματίζονται σε εντατικές ενότητες στην πλειοψηφία τους εκτός καθημερινών, ώστε να διευκολύνεται η παρακολούθηση του μεταπτυχιακού προγράμματος από εργαζόμενους και διαμένοντες σε άλλες πόλεις, χωρίς να παρακωλύονται οι υπόλοιπες υποχρεώσεις τους

Στο τρίτο εξάμηνο σπουδών ο φοιτητής υποχρεούται να πραγματοποιήσει επιτυχώς την πρακτική άσκησή του, είτε στο Εργαστήριο Ανατομίας του ΔΠΘ είτε σε άλλο Εργαστήριο ή Κλινική Πανεπιστημίου της Ελλάδας ή του εξωτερικού ή αναγνωρισμένο Ερευνητικό Κέντρο ή Ινστιτούτο.

Η πρακτική άσκηση - Μαθητεία περιλαμβάνει την εφαρμογή νέων τεχνικών, μεθόδων ή στρατηγικών στο χώρο της Κλινικής - Χειρουργικής Ανατομίας και η εκπόνησή της μπορεί να αρχίσει με το πέρας του δευτέρου εξαμήνου σπουδών ανεξάρτητα από τον αριθμό των μαθημάτων που έχει περατώσει ο φοιτητής. Το θέμα της Μαθητείας, όπως και το θέμα και η παρακολούθηση της Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας καθορίζεται σε συνεργασία και υπό την εποπτεία Επιβλέποντα Καθηγητή, που ορίζεται για κάθε Μεταπτυχιακό Φοιτητή.